位于日本南方的南十字岛，富饶美丽，抬头是那璀璨绝美的星空。正在海滩上徜徉漫步的扬卷和子（早见沙织 配音）和新藤诹访（福山润 配音），偶然救助了一名昏倒在海边的少年特纳西·塔科特（宫野真守 配音）。他是南十字学园高中部的新生，由于未能赶上最后一班船而跳入海中，从大陆游到南十字岛。性格明朗的特纳西展开了快乐的校园生活，虽然他声称来此是歌颂快乐易逝的青春生活，但其内心深处似乎隐藏着什么秘密。另一方面...

有 230 万人口，其中八成人口为学生的「学园都市」，是比其他地区科技更为先进，并从事「超能力开发」的特殊地区。而整座学园都市中仅有七人的等级 5 超能力者之一御坂美琴，由于她的能力与个性使然，因而被卷入了学园都市中所发生的种种事件……...