剧情紧接外传 Battlefield of Pacifist（和平主义者的战场），地球与殖民地的战斗于殖民后196年结束。除五飞外，希罗等四位高达驾驶员决心把高达送往太阳丢弃，然而统一的地球圈再次被人类的欲望所吞噬，战乱再一次燃起。巴顿财团利用前OZ统帅托雷斯之女作傀儡领袖成立军队，以新建之殖民地X18999为基地，同时胁持担任地球外交官的莉莉娜作人质，企图实行第二次流星作战。希罗等人进入殖民地化...

明治维新时期，敌我双方为了各自的理想和目标而奋勇厮杀。在此期间，名人志士不断涌现：大久保利通、木户孝允、坂本龙马、冲田总司。维新一派为了推动新时代的到来，不惜采取暗杀的手段，而绯村剑心正是众多刺客的中的一员。孤儿出身的绯村师从比古清十郎学习飞天御剑流剑法，年轻气盛的下山参战，在奇兵队中崭露头角。凭借一身的本领，绯村最终成为令幕府一派闻风丧胆的刽子手拔刀斋，同时他也和宿敌壬生狼斋藤一有过无数次对决。...

　　六门世界是一个由火、风、水、土、圣和魔六种元素构成的世界，科学家柊一郎兵卫发现了这个世界， 以及前往的方法，即连接两个世界的梦幻通道。 为了取得六件魔法宝物，将现实世界和六门世界联系起来，柊一郎兵卫与他女儿柊六奈，还有六奈的同班同学（也是她男友）大矢门斗，展开了到六门世界的冒险之旅。.........