金鱼姬是一条活泼好动的小鱼，一次偶然的机会，它在涨潮时被冲进了玻璃瓶中无法脱身。此时，刚好来海边度假的男孩宗介路过，帮它解困，从此人鱼相识。宗介把金鱼抱回家里喂养，一起玩耍，感情甚笃。由于海员父亲终日出航，宗介只得跟母亲相依为命，这让他的性格孤僻自闭，甚至对长辈也不理不睬。但是，遇到金鱼姬后，宗介逐渐改变了对生活的冷漠态度，这也让他慢慢修复了性格中的缺陷。一次意外的海啸中，宗介撞伤了身体，金鱼姬沾...

海神的女儿波妞从深海出逃玩耍，却被困在玻璃瓶里冲到岸上，碰巧被住在岸边悬崖的宗介救出，两人因此相识。但是波妞的父亲——魔法师藤本，认为人类世界肮脏丑陋，强行把波妞带回海里。面对父亲的阻挠、席卷小镇的海啸，以及永远失去魔法的威胁，波妞仍然大胆而坚决地决定——要变成人类跟宗介在一起。而承诺要永远保护波妞的宗介，也即将面临新的挑战......