千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现……　　立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声…　　那是在〝沉眠之茧〞中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉...

来自英国、中国、美国等五个国家的六个孩子来到了小丸子（Tarako 配音）的家乡清水市。来自意大利的安德烈（中川大志 Taishi Nakagawa 配音）暂住在了小丸子的家里。小丸子他们和外国小朋友们一起在学校里上课，还利用周末一起前往大阪和京都去旅行。一开始，小丸子因安德烈太过热情而感到困扰，但是知道了他来日本的理由后便开始和他和睦相处了。他们俩一起去逛了庙会，并许下了“希望能再次见面”的愿望...