奥京都から逃げてきた鈴木凛（小鉄）は、かつて兄のいた東京の探偵事務所の所長、久遠美保のもとに身を寄せる。一方、裏社会で傀儡師として有名な御門竜也は、久遠美保殺害の依頼を受ける。そのためには小鉄が障害になると考えた竜也は、小鉄を狙う。だが、何度か対決して行くうちに、2人は徐々に意識しあう仲になってしまう。やがて、依頼人が自殺したことにより、竜也は小鉄を狙う理由はなくなった。以後竜也は小鉄の味方に...

　　可可露（斋藤千和 配音）、伊娜（泽城美雪 配音）和爱洛朵（市原由美 配音）是相依为命的三姐妹，彼此之间的感情非常的要好。三姐妹继承了父母留下来的一间图书馆，这间图书馆名为可可露图书馆。　　可可露图书馆里非常的冷清，几乎无人问津，这让对这份职业满怀期待的可可露稍微的有些失望，但很快的，第一位客人走了进来，他的名字叫做星野枫。可可露顺利的完成了自己的第一次服务，并且和星野枫约定了还书的日子。可是，...

　　曾经是顶级职业杀手的托雷（近藤隆 配音），因为心爱的女人水无月沙耶（丰口惠美 配音）之死金盆洗手。如今，他只是一个默默无闻的赏金猎手，但他“不详的黑猫”的名号在黑道中依然被口口相传。在搭档史恩（藤原启治 配音）和同伴兼对手林斯雷科（野上尤加奈 配音）的帮助下，托雷的隐退生活过得平淡而充实。一次行动中，托雷救下了生化人伊芙（福圆美里 配音），伊芙凭借超强战斗力和治疗能力成为了托雷的得力助手。　　...

　　照常进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（上田祐司 配音）、小霞（饭塚雅弓 配音）一行辗转来到水之都奥多马雷参加紧张刺激的水上竞赛。奥多马雷流传着一个精彩的传说，在很久很久以前，岛上的老夫妇捡到一对孤儿兄妹，当邪魔出现时，两兄妹化作威力强大的神奇宝贝拉帝欧斯和拉帝亚斯，他们击败邪魔，并赐予奥多马雷人民名为“心灵水滴”的宝石作为守护。时至今日，神圣的心灵之滴却引起一对盗贼姐妹（释由美子 配...

　　以成为神奇宝贝大师为目标，小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音）带着各自的神奇宝贝在世界各地进行艰苦的修业之旅，今天他们历经长途跋涉终于来到了风景秀美的米琪亚镇。在当地一对小兄妹的介绍下，小智一行前往神殿遗址游玩。谁知却遭遇了极其危险的情况。关键时刻，掌管时间的迪亚鲁加和守卫神殿的西娜（北乃きい 配音）、凯宾（岸祐二 配音）帮助了他们，能与神奇宝贝心灵沟通...

　　位于卡洛斯地区有一座和谐宁静的地下王国——钻石王国。调皮可爱的精灵公主蒂安希（松本真理香 配音）备受宠爱，然而她似乎并未拥有让维持着王国运行的神圣钻石继续产生能量的能力，为此她在长老的指点下启程前去寻找传说中的精灵哲尔尼亚斯（三田佳子 配音）。因为拥有制造钻石的能力，蒂安希在路上遭到了女贼玛丽莲（足立梨花 配音）、忍者盗贼莱欧特（山寺宏一 配音）以及火箭队三人组的刁难，关键时刻多亏小智（松本梨...

　　千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现……　　立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声…　　那是在〝沉眠之茧〞中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉...

　　小智（松本梨香 配音）一行人继续着磨练技艺的旅途，他们来到了欧鲁德朗城，这里正在举行为了纪念百年前阻止了战争的勇者亚朗而设置的对战祭典。小智带着皮卡丘（大谷育江 配音）勇敢参战，并且最终凭借着强大的实力夺得了头筹，获得了珍贵的宝物“勇者之杖”。　　然而，让小智没有想到的是 ，传说中的神奇宝贝路卡利欧竟然从杖中现身，它的重现江湖揭开了一个隐藏了百年的秘密。与此同时，神秘莫测的神奇宝贝梦幻现身会场...

　　在代欧奇希斯（以下代欧）变成防御型态与裂空坐持续激战的同时，拉鲁斯市广播系统昭告大家紧急避难。市民们听到广播后便惊慌疏散。代欧此时又变成攻击型态，并对裂空坐释出攻击。广播持续呼吁民众这并非演习，而小超则在逃窜中的人群当中，大惑不解为何代欧还活着。当小超在避难时遇见一只难过的正电拍拍。小超一看到神奇宝贝顿时吓坏了，但听到它的求救声便镇静下来。原来它的同伴负电拍拍被陷进垃圾桶里无法挣脱，小超决定帮...

　　小智（松本梨香 配音）一行人在海上遇见了危险的风暴，流落到了橘子群岛中的亚西亚岛上，这里即将举行热闹的大型庆典，而小智在意外之中遇见了庆典的圣女弗卢拉（平松晶子 配音）。弗卢拉选中了小智作为庆典的“指挥者”，他的任务是前往三圣岛，找到隐藏在岛上的玻璃球。只有集齐三颗玻璃球，才能够正式开启庆典。　　就这样，小智和伙伴们踏上了寻找玻璃球的旅途，哪知道不仅遇到了前来捣乱的火箭队，还遭到了闪电鸟的袭击...